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清算土地增值稅會給房地產企業增加多少成本，按照國稅總局的規定，除了土地增值額小于20%的普通標準住宅可以免征土地增值稅外，其他房地產開發項目應按土地增值額的30%~60%的稅率征收。也就是說，利潤率越高，征稅比例就會越大。房地產曾被無數人稱為“暴利行業”，對于該稅種的清算，有評論者宣稱
這不僅有望終結房地產的“暴利時代”，還會“要了一些開發商的命”。
“要命”之說或許言過其實，但有好事者給上海每平方米售價11萬元的湯臣一品“清算”了一下，該項目總建筑面積只有14萬平方米，只能屬于中型樓盤，不過嚴格算來竟需要繳納52.5億元土地增值稅，數額之大，十分驚人。要知道，在清算之前的2006年，全國土地增值稅的收入才不過231億元。
政策的出臺給房地產市場和股市均造成重大影響，1月17日，在通知出臺的第二天，滬深房地產股票全線跌停。萬科等少數企業聲明已經預提了土地增值稅，此后部分房地產股有所回升。但全國大部分房企并未向萬科那樣聲明曾預提過土地增值稅。到了1月31日，在清算大限的前一天，滬深股市創多年來跌幅之最，房地產股損失尤為慘重。
有市場分析人士指出，這表明投資者已經將“土地增值稅”視為房地產企業的重大利空。
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