交會對接方法不同。

    神八與天宮一號交會對接采用的是在飛船上的交會對接設備的引導下自動交會對接，而神九與天宮一號交會對接在進行自動交會對接的同時，還將采用人工手動控制方法進行，以驗證航天員人工手動控制交會對接技術。

    實際上，航天員對飛船的手動運動控制功能從神一到神八都具備，但此前中國進行的載人航天飛行中，航天員還沒有實際進行操作，這也就是說，只是坐在座艙里，還沒有親自駕駛飛船。神九的航天員將第一次進行手動控制飛船，并進行手控交會對接，充分體會駕駛飛船的感覺。

    交會對接環境不同。

    由于神八是中國第一次進行空間交會對接，為減小空間各種光波對交會對接設備造成的干擾，根據技術上的考慮和設計上的安排，神八交會對接任務設計上采用的是在陽照區開始自動交會對接，待對接完成的時候，已經處在陰影區，而神九載人交會對接則在全陽照區間進行。

    由于太空各種光波對交會對接測量設備會造成干擾，在這樣的環境下完成交會對接，其難度要遠比神八大得多，交會對接設備將接受一次嚴峻異常的考驗。

    由自成一體到聯成一體。

    神八與天宮一號交會對接只是完成了兩個飛行器的剛性連接，連接兩個航天器的艙門并沒有打開，因此，在艙內環境上來講，并沒有成為真正意義上的一個整體。

    由于神九的航天員要進入天宮一號目標飛行器里，進行工作、生活和組合體載人環境的全面驗證，因此，神九的航天員將打開兩個航天器的艙門，這時，神九將首次實現與天宮一號的空間連通，成為運行在太空中連在一起的兩個大房間，航天員穿過神九艙門，進入天宮一號，進行相關物品轉移、工作和生活，這種情況下，天宮一號內的二氧化碳凈化裝置、微生物控制裝置等環境控制和生命保障設備將開機，為航天員創造一個與地面一樣的工作和生活環境。